Le Tribunal fédéral confirme qu’il existe un motif de rappel d’impôts en relation avec les montants encaissés sur place qui n’ont pas été soumis à l’impôt à la source. Il considère en revanche que l’ « annualisation » des revenus pour déterminer le taux applicable ne reposait sur aucune base légale dans l’aLIFD et l’aLHID et qu’elle violait donc le principe de la légalité (art. 127 al. 1 Cst). Le Tribunal fédéral confirme par ailleurs que le non-prélèvement de l’impôt à la source sur tous les revenus d’activité des médecins constitue une soustraction d’impôt.

Selon le Tribunal fédéral, il est douteux qu’une décision d’exonération rendue par le canton du siège constitue un fait nouveau permettant d’obtenir la révision de taxations prononcées par un autre canton. Dans tous les cas, une révision des taxation rendues par le canton dans lequel la contribuable a un rattachement économique n’est pas possible lorsque la contribuable n’a pas fait valoir de motif d’exonération dans le cadre des procédures de taxation menées par ce canton.

Le Tribunal fédéral constate que la refacturation effective de management fees par un fonds à une société détenant un immeuble d'en moyenne 20 % des revenus locatifs est disproportionnée. En effet, les quelques tâches supplémentaires fournies par la direction du fonds (société H) et refacturées à la recourante ne sauraient être considérées comme "nettement plus étendues" que des prestations de gérance et ne sauraient justifier une telle différence avec ce qu'ont facturé les prestataires "locaux" (i.e. 2 % à 6 % des revenus locatifs). Par conséquent, notre Haute Cour confirme la prestation appréciable en argent soumise à l'impôt anticipé.

La recourante a déduit de son bénéfice des frais de voyages de ses deux actionnaires et administrateurs, alors que plusieurs de ces voyages ont été effectués avec leurs épouses ou toutes leurs familles. Le Tribunal fédéral confirme que la prise en charge par la recourante de ces frais de vacances constitue une distribution dissimulée de bénéfice, dans la mesure où la recourante n’est pas parvenue à démontrer que de telles dépenses étaient justifiées par l'usage commercial et auraient été accordées à des tiers.

Selon le Tribunal fédéral, ce n’est qu’après avoir été crédités sur le compte de prévoyance individuel que les versements servent à la prévoyance individuelle liée et qu’ils sont déductibles du revenu du contribuable. Le fait que le compte collectif de l'institution de prévoyance a été crédité avant la fin de l'année civile ne suffit ainsi pas à attribuer le paiement des cotisations à l'année civile concernée.

Notre Haute Cour analyse la question de savoir si B SA est fondée à invoquer l'interdiction de la double imposition intercantonale dans un contexte où sa représentante a fait de fausses déclarations concernant le domicile vis-à-vis du premier canton taxateur. Elle confirme que tel n’est pas le cas dès lors que B SA a agi de manière contraire à la bonne foi.