Le Tribunal fédéral analyse, d'une part, si A SA est exonérée du droit de timbre de négociation en lien avec l'acquisition d'une participation au sein du groupe, et d'autre part, si A SA doit s'acquitter du droit de timbre de négociation en lien avec les plans d'intéressement.

Le Tribunal fédéral confirme que A SA n’a pas respecté le ruling de société principale conclu avec l’Afc-GE en 2006, selon lequel toutes les fonctions stratégiques liées à la distribution devaient être exclusivement centralisées dans la société principale, et que le produit des ventes réalisés par des distributeurs tiers doit ainsi lui être imputé.

Le Tribunal fédéral confirme que lorsque la comptabilité d’un indépendant fait défaut, elle ne dispose d’aucune valeur probante, si bien que l’autorité fiscale est fondée à estimer le chiffre d’affaires déterminant sur la base de l’art. 130 al. 2 LIFD.