Résumé : le Tribunal fédéral confirme la présence d'une perte de fusion improprement dite, soit d'une perte comptable au sens de l'art. 61 al. 5 LIFD, puisque le transfert des immeubles à A SA (société reprenante) s'est accompagné d'un transfert de réserves latentes qui a compensé la perte de fusion. Selon le Tribunal fédéral, il s'ensuit que l'amortissement du goodwill de fusion auquel A SA avait procédé en 2015 ne pouvait pas être déduit du bénéfice imposable.

I.    Faits

Par contrat de fusion du 12 décembre 2013, la société fribourgeoise A SA a repris, avec effet rétroactif au 1er juillet 2013, les actifs et passifs de trois sociétés genevoises, à savoir B SA, C SA et D SA (ci-après collectivement : les Filiales), lesquelles étaient propriétaires d'immeubles. Dans le bilan de fusion du 1er juillet 2013, un goodwill de fusion a été activé.

Dans l'annexe aux comptes de A SA pour l'exercice arrêté au 30 septembre 2014, il est indiqué, au sujet du goodwill de fusion, que "le montant de CHF 26'033'300 au 31 décembre 2013 correspond à la différence entre (i) la valeur comptable des participations B SA, C SA et...