Le litige porte sur les délais de prescription et de péremption, tant pour l’ICC que l’IFD, en lien avec une procédure en rappel d’impôt et le droit de taxation de l’autorité fiscale suite à une taxation ordinaire, une taxation d’office et une procédure de taxation encore ouverte. Par ailleurs, les prestations appréciables en argent retenues dans le cadre d’une procédure vis-à-vis de la société doivent être contestées par le détenteur de parts (également organe de la société et/ou actionnaire ou associé majoritaire) pour éviter les reprises dans son propre chef.

Le Tribunal fédéral précise que la jurisprudence de l'ATF 139 I 64 doit être abandonnée en tant qu'elle pose le principe que le canton (de domicile) secondaire qui a rendu une décision de taxation définitive avant le canton de domicile ou du siège est déchu automatiquement du droit de procéder à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt (et a fortiori en soustraction fiscale) même si les conditions pour l’ouverture d’une telle procédure sont remplies.

Le Tribunal fédéral procède dans cet arrêt à un examen détaillé de l’institution de la péremption du droit de recours, selon laquelle le contribuable perd son droit de recours lorsqu’il s’est laissé taxer sans réserve dans un canton alors qu’il connaissait la prétention concurrente d’un autre canton. Notre Haute Cour arrive à la conclusion que cette pratique doit être abandonnée. Selon notre Haute Cour, cette pratique ne constitue plus une mesure proportionnée pour sanctionner un comportement contraire à la bonne foi d'un contribuable dans les relations intercantonales.

Le Tribunal fédéral analyse les conditions du rappel d'impôt lorsque la comptabilité d'une société comporte des charges annuelles importantes (environ CHF 19'000'000 par année) regroupées en sept postes avec des libellés généraux. Il considère qu'on ne peut reprocher à l'autorité fiscale de ne pas avoir instruit davantage les faits dans le cadre des procédures de taxation, puisque dans ce cas d'espèce, l'autorité fiscale ne disposait pas d'indice permettant de retenir que les charges n'étaient pas justifiées.

Le litige concerne les rappels d'impôts pour les périodes fiscales 2006 à 2008, ainsi que les amendes en lien avec ces impôts pour l'année 2008. Notre Haute Cour conclut que les trois conditions de l'évasion fiscale sont réalisées dans le cadre d’une structure de gestion de fonds appartenant à la société étrangère D et détenue indirectement par la société suisse A SA. Par conséquent, le Tribunal fédéral confirme que 79,53 % du bénéfice généré par la société D devait être imposé dans le chef de A SA.