Le litige porte sur les délais de prescription et de péremption, tant pour l’ICC que l’IFD, en lien avec une procédure en rappel d’impôt et le droit de taxation de l’autorité fiscale suite à une taxation ordinaire, une taxation d’office et une procédure de taxation encore ouverte. Par ailleurs, les prestations appréciables en argent retenues dans le cadre d’une procédure vis-à-vis de la société doivent être contestées par le détenteur de parts (également organe de la société et/ou actionnaire ou associé majoritaire) pour éviter les reprises dans son propre chef.

Lorsqu’une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente avant l’échéance du délai de prescription, le contribuable n’est pas en mesure, selon le Tribunal fédéral, d’invoquer la prescription du droit de taxer de l'administration fiscale lorsque celle-ci exécute, sans marge de manœuvre, la décision rendue par l'autorité cantonale compétente et émet de nouveaux bordereaux de taxation. S’agissant de la prescription du droit de procéder à la poursuite pénale, le nouveau droit entré en vigueur le 1er janvier 2017 permet d’appliquer la lex mitior (prescription de dix ans) pour les infractions commises avant son entrée en vigueur. En l'occurrence, notre Haute Cour constate toutefois que l'Afc-GE a rendu des bordereaux d'amende relatifs aux années fiscales 2006 et 2007 le 29 octobre 2015.

Le Tribunal fédéral analyse les conditions du rappel d'impôt lorsque la comptabilité d'une société comporte des charges annuelles importantes (environ CHF 19'000'000 par année) regroupées en sept postes avec des libellés généraux. Il considère qu'on ne peut reprocher à l'autorité fiscale de ne pas avoir instruit davantage les faits dans le cadre des procédures de taxation, puisque dans ce cas d'espèce, l'autorité fiscale ne disposait pas d'indice permettant de retenir que les charges n'étaient pas justifiées.

Suite à un contrôle TVA, l'AFC a corrigé l'impôt par une notification d'estimation. Les corrections fixées ont été partiellement acceptées par l'assujetti qui a payé sans réserve une partie du montant dû pour la période 2011. Il maintient son opposition pour le reste des corrections dans le cadre d'une procédure toujours en cours au moment de la prescription du droit de taxer (le 31 décembre 2021). Le Tribunal fédéral retient que la créance fiscale pour la période 2011 est partiellement entrée en force lors du paiement sans réserve à hauteur de la part acceptée. Ainsi, seule la part non acquittée de la correction a été atteinte par la prescription du droit de taxer.

Le litige concerne les rappels d'impôts pour les périodes fiscales 2006 à 2008, ainsi que les amendes en lien avec ces impôts pour l'année 2008. Notre Haute Cour conclut que les trois conditions de l'évasion fiscale sont réalisées dans le cadre d’une structure de gestion de fonds appartenant à la société étrangère D et détenue indirectement par la société suisse A SA. Par conséquent, le Tribunal fédéral confirme que 79,53 % du bénéfice généré par la société D devait être imposé dans le chef de A SA.